Система менеджмента качества института, соответствующая требованиям стандартов ISO 9001:1994 и ГОСТ Р ИСО 9001-96, создавалась в 1998-2000 годах на базе ранее действующей комплексной системы управления качеством продукции (КС УКП).

В начале 2001 года система менеджмента качества была успешно сертифицирована органом по сертификации, членом Международной ассоциации классификационных обществ «Российским морским регистром судоходства» на соответствие требованиям стандартов ISO 9001:1994 и ГОСТ Р ИСО 9001-96.

В последующие годы система менеджмента качества была приведена в соответствие с требованиями стандартов ISO 9001:2000 и ГОСТ Р ИСО 9001-2001 и повторно сертифицирована Ассоциацией по сертификации «Русский Регистр» на соответствие этим стандартам. В начале 2008 года система менеджмента качества института вновь успешно прошла ре-сертификационный аудит на соответствие этим же стандартам.

В середине января 2009 года на основании вновь введенного международного стандарта ISO 9001:2008 система менеджмента качества института была приведена в соответствие с требованиями данного стандарта и в конце января 2009 года сертифицирована Ассоциацией по сертификации «Русский Регистр».

В январе 2011 года Ассоциация по сертификации «Русский Регистр» провела в институте очередной ре-сертификационный аудит системы менеджмента качества, в результате которого она была признана соответствующей требованиям ISO 9001:2008 (ГОСТ Р ИСО 9001-2008).

В январе 2014 года система менеджмента качества института по результатам аудита сертифицирована на соответствие требованиям ISO 9001:2008 (ГОСТ ISO 9001-2011).

В декабре 2016 года Ассоциация по сертификации «Русский Регистр» провела в институте очередной ре-сертификационный аудит системы менеджмента качества. В результате проведенного аудита, система менеджмента качества института признана соответствующей требованиям стандарта ISO 9001:2015 (ГОСТ Р ИСО 9001-2015) в отношении: комплексной разработки предпроектной, проектной, рабочей и конструкторской документации для строительства; авторского надзора за строительством; оказания проектных услуг по комплектной поставке оборудования и серийно-стандартной продукции в нефтеперерабатывающей, газоперерабатывающей, нефтехимической, химической и связанных с ними отраслями промышленности. По результатам аудита получено положительное заключение органа по сертификации и три сертификата соответствия в системе Русского Регистра, IQNET и ГОСТ Р.

В январе 2023 года Ассоциация по сертификации «Русский Регистр» провела плановый ре-сертификационный аудит системы менеджмента качества. Проверкой было установлено, что система менеджмента качества поддерживается в действии и соответствует требованиям стандарта ISO 9001:2015 (ГОСТ Р ИСО 90012015) в отношении комплексной разработки предпроектной, проектной, рабочей и конструкторской документации для строительства; авторского надзора за строительством (в том числе с применением лазерного сканирования); оказания проектных услуг по комплектной поставке оборудования и серийно-стандартной продукции в нефтеперерабатывающей, газоперерабатывающей, нефтехимической, химической и связанных с ними отраслях промышленности.

По результатам проверки получено положительное заключение органа по сертификации и два сертификата соответствия в системе Русского Регистра и в системе ГОСТ Р.

Основной целью постоянного улучшения действующей системы менеджмента качества института является совершенствование процессов проектирования и повышение результативности системы менеджмента.